Después de dos intentos fallidos con las Bulas «Illius Fulciti» del 20 de noviembre de 1504 y «Universalis Ecclesiae» del 28 de julio de 1508, el Rey Fernando el Católico y el Papa Julio II llegan a unos acuerdos para la erección de las iglesias particulares en el Nuevo Mundo. Mediante la Bula «Romanus Pontifex» del 8 de agosto de 1511, se cambia el proyecto inicial de un arzobispado y dos diócesis en La Española y se erigen tres nuevas diócesis, la de Concepción de la Vega, Santo Domingo y Puerto Rico.

Se nombran los tres obispos, siendo el de Puerto Rico el Licenciado Don Alonso Manso, canónigo magistral de Salamanca. Sale de esa ciudad y llega a la Isla de San Juan el 25 de diciembre de 1512. Manso no sólo fue el primer obispo de la Diócesis de Puerto Rico, sino el primero en llegar a Indias. Por lo tanto, «Fue Puerto Rico, en efecto, la primera iglesia local (en América) viva, habitada y pastoreada por un obispo.» Primero perteneció a la Provincia Eclesiástica de Sevilla. Cuando se creó la Arquidiócesis de Santo Domingo en la Española, pasó a ser sufragánea de dicha Arquidiócesis. Cuando la parte española de dicha isla fue cedida a los franceses en el 1798, Puerto Rico pasó a depender de la Arquidiócesis de Santiago de Cuba

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